Pada zaman penjajahan Belanda ada dua pengikut Pangeran Diponegoro yang melarikan diri sampai disuatu wilayah yang berwujud hutan belantara. Untuk menyambung hidup dan melestarikan keturunannya maka dibukalah hutan tersebut menjadi sebuah wilayah pedesaan. Kedua pengikut tersebut adalah Gunoseco dan Singo Taruno yang mengungsi karena dicari-cari oleh penjajah Belanda. Ketika membuka hutan belantara tersebut salah satu mengambil karang (batu dari laut) untuk ditanam di wilayah tersebut sebagai pengingat apabila dikemudian hari wilayah tersebut menjadi ramai maka dinamakan Karangtalun. Yang terkandung maksud Karang artinya batu, alun artinya laut. Setelah mengalami perkembangan zaman tempat menanam batu tersebut diberi replica Tugu Monas sebagai tanda pusat Desa Karangtalun yaitu pada tahun 1963.
Sebagai Kepala Desa pertama adalah Ronggo Leksono yang ditunjuk langsung oleh Bupati, sampai sekarang Desa Karangtalun sudah mempunyai 12 Kepala Desa.
Kepala Desa Karangtalun Drs. Agus Imam Wijayanto, M.Si didampingi Sekretaris Desa Karungtalun Soeprianto menjelaskan Desa Karangtalun dibagi menjadi 3 Dusun. Ketiga dusun tersebut adalah : Dusun Karangsono, Dusun Karangtalun, dan Dusun Bendildjet. Dinamakan Dusun Karangsono karena pada zaman dahulu ketika masih berwujud hutan disitu banyak tumbuh tanaman kayusono. Dinamakan Dusun Bendildjet, karena dahulu merupakan hutan belukar. Ketika ditebang ditengah-tengah hutan tersebut diketemukan sebuah Kendil yang berisi njet. Siapa pemiliknya tidak ada yang mengetahui. “ Meski endjet telah digunakan makan oleh masyarakat sekitar, tetapi tak pernah habis. Oleh karena itu dijadikan Dusun yang diberi nama Bendelndjet”. Ungkapnya.
Sekdes Karangtalun Soeprianto menjelaskan pada zaman dulu ada 2 putri kembar yang sangat cantik di Desa Karangtalun, namanya Antasari & Antarwati. Karena kecantikannya dikagumi oleh banyak pria dari berbagai daerah. Namun sampai akhir hayatnya, kedua putri kembar tersebut tinggal di desa Karangtalun. “Setelah mereka meninggal, keduannya dimakamkan di desa Karangtalun”. Jelasnya.
Di desa Karangtalun terdapat 4 makam yang masih dikeramatkan, karena mereka adalah cikal bakal Desa Karangtalun. Keempat makam tersebut adalah makam Sentonodowo, Sentono Gede, Mbah Kendel dan Mbah Djangil. Menurut cerita